تهیه ژل الکتروفورز به صورت گرادیانت
برای بررسی نمونه ای که دارای رنج وسیعی از جرم های مولکولی متفاوت است , باید از ژلی که دارای منافذی با اندازه های متفاوت است (شیب منافذ) , استفاده کرد . در این ژل منافذ در بالای ژل بزرگ تر از منافذ پایین ژل است . در حین پیشرفت کار حرکت پروتئین ها بیشتر محدود می شود . در حضور یک ژل گرادیانت رنج وسیعی از جداسازی حاصل می شود و نسبت به یک ژل با غلظت یکسان , باندها بهتر نگه داشته می شوند .
تهیه ژل گرادیانت :
ژلهای گرادیانت اگر چه از ژلهای با غلظت ثابت مشکل تر ریخته می شوند , اما رنج پهناوری از پروتئین ها را جدا سازی می کنند . بعلاوه اینکه محاسبه وزن مولکولی آنها خیلی ساده تر است , زیرا برخلاف ژلهایی که غلظت ثابت دارند , ارتباط بین Log اندازه مولکولها و میزان حرکت آنها در سرتاسر رنج جداسازی روی ژل , خطی است .
مواد و تجهیزات :
محلول ژل
ساکاروز (Sucrose)
گرادیانت میکر
پمپ پیریستالتیک با توانایی 1.6ml/min
لوله مخصوص پمپ
بهم زن مغناطیسی
یک دستگاه الکتروفورز , همراه صفحات شیشه ای و اسپیسرها و شانه مخصوص .
جایگاه ریختن ژل
منبع الکتریسیته
دستورالعمل :
1- جایگاه ریخته شدن ژل را نصب نمایید .
2- لوله پمپ را به محل اتصال خروجی گرادیانت میکر وصل کنید . سر دیگر آن را به پمپ متصل کنید . طول مدت ریخته گری ژل 5- 10min طول خواهد کشید . لوله دیگر را از پمپ به جایگاه ریخته شدن ژل وصل نمایید .
3- دو نوع محلول با غلظت های کم و زیاد را که در داخل مخزن های گرادیانت میکر ریخته خواهند شد , طبق جدول درست نمایید . این محلول ها دارای آمونیوم پرسولفات است ولی از ریختن TEMED در آنها خود داری نمایید . ژلهای 5-20% و یا 10-20% ژلهای مطلوبی هستند . هواگیری در این پروتوکل لازم نیست . محلول ها را میکس نمایید . محلول غلیظ تر را برای جلوگیری از پلیمریزاسیون در محیط یخ یا آب سرد قرار دهید . محلول غلیظ آکریل آمید ممکن است بدون حضور TEMED و فقط با آمونیوم پرسولفات اضافه شده , پلیمره شود .
4- TEMED را به آرامی به محلول درون مخزنها که در حال میکس شدن است , اضافه کنید . توجه کنید که اول محلول ژل را به گرادیانت میکر اضافه نمایید ( بدون اضافه کردن TEMED ) . فقط قبل از باز کردن شیر خروجی به ازای هر میلی لیتر 33 میکرو لیتر TEMED به محلول اضافه نمایید .
5- محلول غلیظ تر در مخزنی که میکسر دارد و خروجی آن به ژل متصل است , ریخته می شود . در هنگام پر کردن محفظه ژل , محلول غلیظ تر زود تر از همه وارد محفظه ژل می شود . وقتی که محلول غلیظ تر وارد محفظه ژل می شود , به ته آن می رود . محلول رقیق تر به مخزنی که همزن دارد , وارد می شود و بدین ترتیب محلول غلیظ کمی رقیق تر می شود .
6- شیر را باز کنید , تا این عمل انجام شود .سپس ببندید .
7- محلول رقیق وارد مخزن دارای میکسر می شود .
8- محلول در این مخزن میکس می شود .
9- شیر خروجی و پمپ را روشن کنید .
10-وقتی که شلنگ در حدود چند میلی لیتر از محلول غلیظ پر شد , شیر میان دو مخزن را باز کنید . پمپ تا زمانی که محفظه ژل پر شود , روشن باقی می ماند .
11-روی سطح ژل را با 0.3ml آب اشباع شده با n-butanol بپوشانید و صبر کنید تا پلیمریزاسیون انجام شود . سپس ژل بالا (stacking gel)را بریزید .
*** >>> استفاده از مطالب این وبلاگ بدون ذکر منبع جایز نیست <<< ***
|
روز بخير كاربر مهمان! 
