• اقایون حذف عکسها توسط سرور است


• پاسخ به سئوالات


• تبلیغات


• مشکلات بر سر راه تحقیقات


• مشکل حل شد ، اما کی مشکل اساسی حل خواهد شد؟؟؟


• ایراد در سرویس دهنده این وبلاگ


• تاریخچۀ الکتروفورز sds-page مطلب ارسالی از sara.Tavakoly


• تبریک به مناسبت فرارسیدن سال 1390


• سنجش پروتئین ها (بخش دوم ، بیسین چونینیک ، برادفورد)


• سنجش پروتئین ها (بخش اول بیوره ، لوری)


• تهیه ژل الکتروفورز به صورت گرادیانت


• راهنماي شماتيك استراتژي تخليص


• مناسبت استفاده از تكنيكهاي تخليص در هر 3 فاز استرات‍ژي تخليص


• طيف سنجي جرمي (Mass Spectroscopy)


• معذرت دوباره


• آماده سازی و ساخت ژل IEF


• روشهای رسوبدهی


• وقفه در آپ کردن مطالب


• روشهای خارج کردن ترکیبات تداخل کننده


• بافرهای محلول سازی در الکتروفورز 2 بعدی (حامل های آمفولیتی)


• تخلیص پروتئین ها ( بخش دوم )


• بافرهای محلول سازی در الکتروفورز 2 بعدی (عوامل احیاء کننده)


• بافرهای محلول سازی در الکتروفورز 2 بعدی (دترجنت ها)


• بافرهای محلول سازی در الکتروفورز 2 بعدی (معرفهای کائوتروپیک)


• تخلیص پروتئین ها ( بخش اول )


• اعتماد به نفس


• استفاده از مطالب این وبلاگ بدون ذکر منبع جایز نیست


• محلول سازی نمونه ها برای الکتروفورز 2 بعدی


• ساختمان و خصوصیات و کاربردهای مواد شیمیایی پر مصرف در پروتومیکس 4


• خصوصیات و کاربردهای مواد شیمیایی پر مصرف در پروتومیکس 3


• پروتئومیکس و معالجه بیماری های صعب العلاج


• خصوصیات و کاربردهای مواد شیمیایی پر مصرف در پروتومیکس 2


• خصوصیات و کاربردهای مواد شیمیایی پر مصرف در پروتومیکس


• بلاخره کار انتقال مطالب وبلاگ قبلی تمام شد


• انواع نمونه برای الکتروفورز 2 بعدی


• انجام تست الکتروفورز 2 بعدی


• راهنمایی های کلی در آماده سازی نمونه برای الکتروفورز 2 بعدی (2DE)


• روشهای آماده سازی نمونه برای IEF (مقدمه)


• الکتروفورز 2 بعدی (2DE)


• رفع عیب و مشکلات کار با سمپلر و کالیبره کردن آن


• نحوه به دست آوردن و کشیدن منحنی استاندارد و گراف برای تعیین غلظت پروتئین با روش لوری


• مراحل خالص سازی پروتئین ها


• ژورنال ها و مجلات علمی پروتئومیکس


• اثر ویسکوزیته نمونه بر جداسازی و رزولیشن ستون های ژل فیلتراسیون


• اثر حجم نمونه تزریقی بر جداسازی و رزولیشن ستون های ژل فیلتراسیون


• رزولیشن در ستون های ژل فیلتراسیون


• اثر سرعت فاز متحرک بر جداسازی و رزولیشن ستون های ژل فیلتراسیون


• کیسه دیالیز


• جدول تعیین درصد ژل آکریل آمید و آگاروز برحسب جرم مولکولها

*** >>> استفاده از مطالب این وبلاگ بدون ذکر منبع جایز نیست <<< ***

برای رسم منحنی استاندارد از یک پروتئین که غلظت آن را می دانید استفاده کنید . برای استاندارد از BSA استفاده کنید .مثلا BSA  با 5 غلظت

BSA 0.1 mg/ml،  0.2 mg/ml،  0.3 mg/ ml،  0.4mg/ml،  0.5mg/ml

BSA = Bovine  Serum Albomin

نمونه های خود را یکی با همان غلظت و دیگری با 1/10 غلظت , دیگری را مثلا با 1/50 رقیق کنید

حالا باید طبق روش لوری جذب ها را بخوانید .نمودار خود را بر حسب mg/ml پروتئین و جذب بکشید .جذب های استاندارد را می خوانید و در روی محور ایگرگ می نویسید . غلظت های استاندارد را نیز روی محور ایکس مشخص کنید . بهترین خطی که از این 5 نقطه عبور می کند , یا به صورت دستی یا با نرم افزار اکسل رسم کنید .

با توجه به جذب نمونه های خود , به طوری که یک خط افقی از Abs (جذب) مورد نظر رسم می کنید , تا به منحنی استاندارد برخورد کند و از همان جا یک خط عمودی بکشید تا به محور ایکس برسد . جایی را که به محور ایکس برخورد کرده مشخص کنید .این نقطه غلظت پروتئین مورد نظر شما می باشد. سپس عدد به دست آمده را در ضریب رقت خود ضرب کنید.

در این روش از نمونه هایی که در بالا رقیق کرده اید آن نمونه ای را انتخاب کنید که عدد آن بین اعداد استاندارد باشد .

مثلا یک نمونه دارید که غلظت آن نا مشخص است . ابتدا از این نمونه چند رقت بسازید .

1/1  ، 1/10 ،  1/20  ، 1/50

استاندارد های خود را بسازید

BSA 0.1mg/ml 0.2 mg/ml 0.3 mg/ ml 0.4mg/ml 0.5mg/ml

طبق روش لوری عمل نمایید . منحنی استاندارد را در نمودار رسم کرده و بهترین خط را طبق آن رسم کنید . جذب نمونه ها را بخوانید . نمونه ای که جذب آن در محدوده جذب استانداردها است انتخاب کنید ( بقیه آنها دقت کافی را نخواهد داشت ) . یعنی نقاطی که به خط قهوه ای برسد فاقد اعتبار است . از نقطه ای که جذب آن مشخص است یک خط افقی رسم کنید تا به خط سبز برسید .سپس از آنجا یک خط رسم کنید تا محور ایکس را قطع کند . این نقطه غلظت نمونه شما است .که اگر رقیق کرده باشید , باید این عدد را در ضریب رقت ضرب کنید .

*** >>> استفاده از مطالب این وبلاگ بدون ذکر منبع جایز نیست <<< ***

مراحل تخلیص پروتئین ها به صورت شماتیک در ادامه مطلب توضیح داده شده است .

ادامه مطلب ، مخصوص اعضاء

*** >>> استفاده از مطالب این وبلاگ بدون ذکر منبع جایز نیست <<< ***

دوستان یک سری از سایت های مهم در رابطه با مقالات ، ژورنالها و مجلات خارجی  که مبحث آنها پروتئومیکس است ، را در قسمت لینکدونی قرار داده ام ، که اکثرا رایگان است .

آشنایی با برخی نشریات مرتبط با پروتئومیکس

در این قسمت برخی نشریات مرتبط با پروتئومیکس معرفی میشوند. بدیهی است که این نشریات تنها نمونه هایی از نشریاتی هستند که به طور کامل یا جزئی بخشی از مقالات منتشره خود را به موضوع پروتئومیکس اختصاص داده اند ، و فهرست این نشریات درحال گسترش است.

Proteomics

این نشریه یکی از قدیمیترین ومعتبرترین نشریات فعال درزمینه پروتئومیکس است که از سال 2001 فعالیت به چاپ مقالاتی در زمینه Proteomics خود را آغاز کرده است و مقبولیت و اعتبار زیادی دارد. در حال حاضر به تکنیکها و کاربردهای پروتئومیکس میپردازد.

Molecular and Cellular Proteomics

این نشریه که توسط انجمن بیوشیمی و زیست شناسی مولکولی آمریکا منتشر می شود معتبرترین نشریه پروتئومیکس محسوب میگردد.

Journal of Proteome Research

این نشریه درحال حاضر از معتبرترین نشریات پروتئومیکس است. در این نشریه مقالاتی در زمینه تحلیل سیستمهاي زیستی و آنالیز فراگیر پروتئینها وعملکرد آنها انتشار مییابد.

Expert Review of Proteomics 

 در این نشریه تنها مقالات مروري (Review) به چاپ میرسند . در این نشریه تلاش میشود که راجع به هر موضوع، دیدگاه جامعی از اهمیت یک تکنولوژي خاص در تحقیقات یا کاربردهاي پزشکی ارائه گردد.

Brifings in Functional Genomics and Proteomics

در این نشریه هم مانند نشریه قبلی تنها مقالات مروري منتشر میشوند، که به تکنیکها، پروتوکلها و روش هاي مورد استفاده در تحقیقات ژنوم و پروتئوم میپردازند.

Current Proteomics

هدف این نشریه نیز انتشار مقالات مروري در زمینه پروتئومیکس است. دراین نشریه تمامی موضوعات مربوط به پروتئومیکس شامل روشها، نرمافزارها، پایگاه هاي اطلاعاتی، پیشرفت هاي تکنیکی و کاربردهاي جدید پروتئومیکس مورد بررسی قرار میگیرند. علاوه بر مقالات مروري، مقالاتی که به تبیین اهمیت تحقیقات و یافته هاي جدید درزمینۀ پروتئومیکس میپردازند نیز مورد توجه هستند.

BBA-Proteins & Proteomics

درحقیقت یک نشریه تخصصی پروتئومیکس محسوب نمیشود. و بیشتر به انتشار BBA این بخش از نشریه مطالبی در زمینه ساختمان پروتئینها، برهمکنش لیگاند-پروتئین، مکانیسمها، مدلها و سینتیک آنزیمی، ویژگی هاي فیزیکی پروتئینها، اسپکتروسکوپی و نیز مقالات کریستالوگرافی میپردازد.

Clinical Proteomics

هدف این نشریه انتشار مقالات مربوط به کاربردهاي تکنولوژي پروتئومیکس درتحقیقات پزشکی است.

Genomics, Proteomics & Bioinformatics

Beijing این نشریه توسط آکادمی علوم چین حمایت میشود ومدیریت آن برعهده انستیتو پروتئومیکس است. در این نشریه نتایج تحقیقات ژنومیکس، پروتئومیکس و بیوانفورماتیک انتشار مییابد. مقالاتی که به منابع اینترنتی و تکنیکهاي ژنومیکس و پروتئومیکس مربوط میشوند نیز میتوانند مدنظر قرار گیرند.

Proteome Science

این نشریه به صورت online منتشر میشود و دسترسی به متن کامل مقالات آن محدودیتی ندارد. مقالات این نشریه درمورد پروتئومیکس وعلی الخصوص آنالیزهاي پروتئومیکس ساختاري وعملکردي در زمینه زیست شناسی سلولی و تکوین هستند. در این نشریه مقالات تحقیقاتی، تکنیکها و مقالات مروري به چاپ میرسند.

Omics: A Journal of Integrative Biology

دراین نشریه مقالات ژنومیکس، ترانسکریپتومیک، پروتئومیکس، متابولومیک، گلیکومیک و مطالعات زیست شناسی سیستمها انتشار مییابند. پیشرفتهایی که در دوران پسژنومی در زیستشناسی و پزشکی حاصل گردیده اند مانند فارماکوژنومیکس (اندازهگیري کمی وابستگی پاسخ دارویی میزبان ها به تغییرات ژنتیکی ) و فیزیومیک ( physiomics ، تغییرات فیزیولوژیکی و عملکردهاي آن دریک موجود زنده کامل) دراین نشریه مورد توجه هستند.

Proteomics Virtual Journal

این نشریه مجازي (virtual) در حقیقت یک نشریه مستقل نیست، بلکه ویراستارهاي آن مقالات جالب توجه را ازمیان 15 نشریه انتشارات Elsevier  انتخاب نموده و خلاصه مقالات آنها را بدون هزینه در نشریه خود به صورت online ارائه میدهند. هر خلاصه مقاله با یک لینک به صفحه اینترنتی نشریه مربوطه ارتباط پیدا میکند.

The Internet Journal of Genomics & Proteomics

این نشریه اینترنتی هم به تازگی راهاندازي شده است و تلاش میکند مقالات مرتبط با موضوعات مختلف ژنومیکس و پروتئومیکس را به چاپ برساند.

Proteome

این نشریه توسط انتشاراتSpringer به چاپ میرسیده است ولی انتشار آن خیلی زود متوقف شده است (به نظر میرسد تنها درسال 2000 مقالاتی منتشر نموده است). متن کامل مقالات این نشریه از طریق صفحه اینترنتی انتشارات قابل دسترسی میباشد.

سایر نشریات

نشریات زیاد دیگري با پروتئومیکس در ارتباط هستند که نامبردن از تمامی آنها در اینجا مقدور نیست. از این میان میتوان به نشریاتی که به انتشار تکنیکهاي جدید میپردازند مانند، Electrophoresis  کلیه نشریات مرتبط با طیف سنجی جرمی

Anal. Biochem ، Anal. Chem ، J. Chromatogr. A & B   و نشریات بیوانفورماتیکی مانند BMC Bioinformatics و Bioinformatics اشاره نمود.

 چکیده اي از کتب :

"پروتئومیک" تالیف مصطفی رضایی طاویرانی، سید امیر مرعشی، زھرا قلنبر و مھرناز مصطفوی

"بیوفیزیک" تالیف مصطفی رضایی طاویرانی و ھمکاران
 

*** >>> استفاده از مطالب این وبلاگ بدون ذکر منبع جایز نیست <<< ***

به ترتیب از A به C به وسیله افزودن دکستران , ویسکوزیته زیاد شده است .

ویزکوزیته زیاد باعث کم شدن رزولیشن می شود . همچنین ویزکوزیته نمونه نباید در حدی باشد ، که حرکت آن در هنگام عبور از میان ذرات ژل ، با مشکل مواجه شود . یعنی در اثر نیروی مکشی که در اثر خروج بافر (فاز متحرک ) ، یا فشار پمپ ، ایجاد می شود و عدم عبور راحت نمونه از میان ذرات ژل ، ژل فشرده نشود.

*** >>> استفاده از مطالب این وبلاگ بدون ذکر منبع جایز نیست <<< ***

کسب درامد واقعی از اینترنت (پول دیجیتال)
J. Chromatogr. A & B
Anal. Chem
Anal. Biochem
BMC Bioinformatics
Bioinformatics
Proteome
The Internet Journal of Genomics & Proteomics
Proteomics Virtual Journal
Omics: A Journal of Integrative Biology

آرشيو پيوندهاي روزانه