به وبلاگ پروتئومیکس خوش آمديد

عضويت در وبلاگ
منوي اصلي
صفحه نخست
پست الکترونيک
آرشيو مطالب
فهرست مطالب وبلاگ
پروفایل
موضوعات
کروماتوگرافی
ژل فیلتراسیون
افینیتی کروماتوگرافی (تمایلی)
آیون اکس چنج کروماتوگرافی (تبادلی)
الکتروفورز
SDS PAGE
الکتروفورز دو بعدی
PAGE
پروتئین ها
تخلیص پروتئین ها
ترسیب پروتئین ها
جرم مولکولی پروتئین ها
دیالیز پروتئین ها
اندازه گیری پروتئین ها
ایمنی هنگام کار (safty)
سئوالات متداول
ژورنال ها و مجلات علمی پروتئومیکس
خصوصیات و کاربردهای مواد شیمیایی پر مصرف در پروتومیکس
طيف سنجي جرمي
اضافات

 

********************
* آگهی های ویژه *
 
شرکت های فروشنده لوازم
آزمایشگاهی می توانند در
این محل یعنی جایی که
روزانه صدها محقق به آن
سر می زنند ، یعنی درست
در بازار هدف ، تبلیغات خود
را به ما بسپارند .
ما به شما یک صفحه مجزا
برای تبلیغات می دهیم .
*                           *
********************

کسب درامد واقعی

آخرین مطالب
طراح قالب

Template By: NazTarin.Com

تبلیغات

آماده سازی و ساخت ژل IEF

 

آماده سازی ژل IEF
 
جدیدا به جای استفاده از آمفولایت ها که عدم تکرار پذیری و مشکلات زیادی دارند ، IPG ها بر اساس استفاده از معرفهای ایموبلاین Immobiline تهیه می شوند .ایموبلاینها مشتقات ده گانه ای از کربن آمید هستند که ساختار پایه ای یکسانی دارند (PH=1-12) . بافرهای ایموبلاین دسته مولکولهای شناخته شده ای هستند که هر یک دارای یک گروه بافر کننده اسیدی یا بازی متصل به یک مونومر کربن آمید هستند . از آنجایی که انتهای واکنش دهنده مولکول با ماتریکس آکریل آمید پلیمره می شود ، ایموبلاین های بافر کننده در حین پلیمریزاسیون ایجاد شیب PH می کنند ، که بطور کووالانت از طریق باندهای وینیل به شبکه پلی آکریل آمید متصل می شوند .
 
روشهایی برای آماده سازی دستی این ژلها وجود دارد ، که البته اکنون از این روشها به ندرت استفاده می شود و بیشتر نوارهای IPG آماده ، مورد مصرف قرار می گیرند . در روشهای دستی ، ژلهای تخت IPG تا محدوده PH مورد نظر بر روی ورقه های شفاف Gel Bound Tagged Films ریخته می شوند که ژل پلی آکریل آمید به خوبی به آنها متصل می شود . ژل ها پس از پلیمریزه شدن ، کاملا با آب دیونیزه شده ، شسته می شوند . یعنی 6 بار و هر بار به مدت 10 دقیقه در آب دیونیزه و بعد در گلیسرول 2% به مدت 30 دقیقه غوطه ور می شوند و سپس در دمای اتاق در نقطه ای که عاری از هر گونه گرد و غباری باشد ، قرار داده می شوند تا خشک گردند و روی آنها با ورقه ای پوشیده می شود . در صورت عدم تمایل به استفاده سریع از آنها ، می توان آنها را برای مدت یک سال در 20- درجه سانتیگراد نگهداری کرد . قبل از استفاده ژلها به میزان لازم برش داده می شوند . همانطور که ذکر شد نوارهای IPG از پیش آماده ، در بازار موجود هستند . این نوارها در طولهای متفاوت بوده و هر چه میزان طول نوارها بلندتر باشد ، تعداد پروتئین هایی که می توانند از هم تفکیک گردند بیشتر خواهد بود . نوارهای 18 یا 24 سانتیمتری معمولا برای جداسازی با قدرت تفکیک بالا استفاده می شوند ، در حالیکه نوارهای 7 یا 11 سانتیمتری برای غربالگری سریع نمونه ها مورد استفاده قرار می گیرند .

 

 

مرجع : استفاده شده از manual دستگاه IEF

 

*** >>> استفاده از مطالب این وبلاگ بدون ذکر منبع جایز نیست <<< ***

www.ProteomicsIran.loxblog.ir

 

کسب درامد واقعی

[+] نوشته شده توسط ابوذر عسکری در پنج شنبه 21 بهمن 1389برچسب:الکتروفورز 2 بعدی,Electrophoresis,2 Dimensional Electrophoresis,2DE,ژل اكريل آميد,آمفوليت,ايموبلاين, در ساعت 8:33 | |
روشهای رسوبدهی

 

روشهای رسوبدهی
در روشهای آماده سازی نمونه ، رسوب دادن پروتئین ها به عنوان یک مرحله اختیاری تلقی می گردد . این روش برای جدا کردن انتخابی پروتئین ها از مواد آلاینده و تداخل کننده در محلول مانند نمک ها ، دترجنت ها ، اسیدهای نوکلئیک ، و غیره به کار گرفته می شود . از این روش برای تغلیظ پروتئین های موجود در یک نمونه که در حالت عادی بسیار رقیق باشند ، نیز استفاده می شود .
 
باید توجه داشت که هیچ روش رسوب دهی به طور کامل کارامد نیست و برخی از پروتئین ها بعد از رسوب داده شدن ، مجددا محلول نمی شوند . به همین دلیل بسته به هدف از انجام الکتروفورز دو بعدی استفاده کردن از این روش را در دستور کار می توان قرار داد . در صورتیکه هدف از انجام الکتروفورز دو بعدی به دست آوردن کاملترین نمایه دو بعدی یک نمونه باشد ، باید از انجام رسوبدهی صرف نظر کرد .
 
جزء به جزء کردن نمونه(Fractionation)
پروتئین هایی که در بافتهای اوکاریوتی بیان می شوند ، از گوناگونی بسیاری برخوردار بوده ، و دارای محدوده دینامیک (محدوده غلظت پروتئین های داخل یک نمونه بین کمترین تا بیشترین غلظت(Range Dynamic) ) وسیعی هستند . برخی از مواقع در نمونه هایی این چنین ، به منظور کاهش پیچیدگی نمونه و افزایش تعداد پروتئین هایی که دارای نسخه پایین هستند ، نمونه جزء به جزء می شود . می توان از روشهای متفاوتی مانند جزء به جزء کردن اجزاء سلولی (Sub-Cellular Fractionation) ، الکتروفورز در فاز مایع ، کروماتوگرافی جذبی و رسوبدهی انتخابی بهره برد . استخراج پی در پی (Sequential Extraction) پروتئین ها از یک سلول یا بافت بر اساس حلالیت آنها در دسته ای از بافر ها که قدرت و خاصیت محلول سازی آنها به تدریج افزایش پیدا می کند ، روش دیگری از جزء به جزء کردن است .
 
زمانی که قسمتی از پروتئین های سلول یا بافت مورد نظر باشد ، می توان در حین آماده سازی ، نمونه را نیز جزء به جزء کرد . اگر پروتئین هایی از یک قسمت زیر سلولی خاص مورد نظر باشند ، برای مثال ریبوزوم ها ، می توان ارگانل مورد نظر را توسط سانتریفوژ کردن تمایزی در شیبهای سوکروز جدا نمود . اگر چه این روشها را می توان در سلولهای پستانداران که معمولا دارای جداره سلولی ضعیفی هستند ، نیز به کار برد ، اما دسترسی به اورگانل ها در میکرواورگانیسم های دیگر بسیار مشکل است ، زیرا یک روش لیز کردن برای شکستن کارامد دیواره سلولی مورد نیاز است که در عین حال نباید آنقدر خشن باشد که باعث از بین رفتن ارگانل و تخریب آن شود .
 
رسوبدهی انتخابی بعضی از کلاسهای پروتئینی توسط استن-TCA صورت می گیرد . دیگر روش ، روشهای عصاره گیری متوالی با بافرهایی که به تدریج قدرت محلول سازی آنها افزایش می یابد ، است . مثلا بافرهای مائی ، حلالهای آلی نظیر اتانول ، کلروفورم و اتانول و محلول های حاوی دترجنتهای مختلف . بالاخره روشهای جداسازی کروماتوگرافی ، الکتروفورز در فاز مائی نیز در جزء به جزء کردن نمونه ها بر اساس خصوصیات فیزیکوشیمیایی متفاوت پروتئینهای موجود در نمونه قابل انجام هستند . تصمیم در انتخاب هر یک از این روشها بستگی به ماهیت نمونه و هدف از کار با نمونه دارد .
 
روشهای جزء به جزء کردن ، ممکن است مزایای بسیاری در غنی سازی پروتئین ها داشته باشند ، اما اصلی ترین نکته منفی در استفاده از این روشها ، این است که بسیار زمانگیر و بسیار پیچیده اند . همچنین نمی توان در یک زمان چند نمونه را وارد این مرحله از کار نمود . اما مزیت اصلی آن ،تعیین جایگاه پروتئین ها از نظر ساختمانی در زیر ساختار سلولی و تعیین عملکرد آنها است .
 
 
مرجع : استفاده شده از manual دستگاه IEF
 

 

*** >>> استفاده از مطالب این وبلاگ بدون ذکر منبع جایز نیست <<< ***

www.ProteomicsIran.loxblog.ir

 

کسب درامد واقعی

[+] نوشته شده توسط ابوذر عسکری در شنبه 8 بهمن 1389برچسب:استن,TCA,کلروفورم,اتانول,الکتروفورز 2 بعدی,Electrophoresis,2 Dimensional Electrophoresis,2DE,, در ساعت 23:56 | |
وقفه در آپ کردن مطالب

با سلام به همه دوستان محقق و گرامی خودم

و با تشکر از همراهی و ابراز محبت شما

دوستان عزیز ، با توجه به مشکلات سخت افزاری که برای لب تاب بنده پیش آمده و اینکه بیشتر مطالب را در همین لب تاب آماده می کردم ، ممکن است در آپ کردن مطالب تأخیر بوجود آید . لذا از همه دوستان عزیز در همینجا معذرت می خواهم و تا رفع مشکل شکیبا باشند .

2 مطلب دیگر هم اضافه کنم .

یکی اینکه وبلاگ با سرعت کمی بالا می آید و از شما درخواست دارم ، کمی شکیباتر باشید .

دوم اینکه با امتیاز دادن به مطالب ، ما را در انتخاب مطالب کمک نمایید ، تا آن مطالبی که بیشتر مورد توجه دوستان است ، در وبلاگ بیاوریم . در پایین مطالب این وبلاگ یک آیکون 5 ستاره ای است ، که به تعداد مورد نظر شما قرمز رنگ می شود و با یک کلید کار تمام است ، این کار بدون صرف هیچ زمانی انجام می شود .

 

*** >>> استفاده از مطالب این وبلاگ بدون ذکر منبع جایز نیست <<< ***

www.ProteomicsIran.loxblog.ir

 

کسب درامد واقعی

[+] نوشته شده توسط ابوذر عسکری در پنج شنبه 7 بهمن 1389برچسب:, در ساعت 6:14 | |
روشهای خارج کردن ترکیبات تداخل کننده

 

روشهای خارج کردن ترکیبات تداخل کننده
در حین لیز سلولی و بعد از آن ، ترکیبات تداخل کننده ای نظیر آنزیمهای پروتئولایتیک ، نمکها ، لیپیدها ، اسیدهای نوکلوئیک ، پلی ساکاریدها ، و فنل های گیاهی باید غیر فعال شده یا از نمونه تهیه شده خارج گردند .
 
در این بخش به توضیح این آلاینده ها و اثر آنها بر الکتروفورز 2 بعدی پرداخته و روشهای حذف آنها را شرح خواهیم داد .
 
پروتئازها
پروتئازهای موجود و حاضر در نمونه باید غیر فعال شوند تا از تخریب پروتئین ها جلو گیری شود . در غیر این صورت پروتئازها با شکستن پروتئین ها سبب پدیدار شدن نقاط مصنوعی در نمایه 2 بعدی می شوند . روشهای مختلفی برای مقابله با پروتئولیز ضمن آماده سازی نمونه وجود دارد . برای مثال استخراج پروتئین در PH بازی ، جوشاندن نمونه در SDS و همچنین استفاده از مهار کننده های پروتئازها (PI) به تنهایی یا در ترکیب با یکدیگر .
 
مهار کننده های پروتئاز را می توان به محلول لیز کننده افزود ، اما همیشه این کار توصیه نمی شود . چرا که این مواد ممکن است باعث ایجاد تغییر بار الکتریکی در پروتئین های دیگر شده و سبب ایجاد نقاط مصنوعی شوند . راه حل های دیگر جوشاندن نمونه در بافری با PH بالا نظیر بافر تریس است که دارای SDS باشند . برای غیر فعال کردن پروتئاز ها با PH پایین از رسوب دادن با TCA 20% بر روی یخ می توان بهره برد .
 
این نکته را باید در نظر داشت که غیر فعال سازی کامل تمام پروتئازها کاری بسیار سخت است . رسوب دهی توسط TCA و استن در کاهش تخریب پروتئین ها و خارج ساختن ترکیبات تداخل کننده معمولا مفید است . اما باید کاملا مراقب بود که پروتئین ها در اثر رسوب دادن ناقص و یا بعد از رسوب دادن ، در حین محلول کردن دوباره ، از دست نروند . نشان داده شده است که محلول های حاوی تیواوره 2 مولار و اوره 7 مولار کارآیی قابل توجهی در مهار کردن پروتئازهای نمونه دارند . تیواوره علاوه بر مفید بودن در حل کردن پروتئین ها به عنوان یک مهار کننده قوی پروتئازها نیز عمل می کند .    
 
اسیدهای نوکلوئیک
حضور اسیدهای نوکلوئیک نیز می تواند در حین IEF مسئله ساز شود . این امر ناشی از افزایش در ویسکوزیته نمونه و در بعضی از موارد ایجاد کمپلکس هایی با پروتئین ها ی نمونه است که منجر به مهاجرت غیر عادی و ایجاد رگه های افقی و عمودی در نمایه ژل الکتروفورز 2 بعدی می شود . اگر مشکلاتی از این قبیل بوجود آید بهترین کار متلاشی کردن اسید نوکلوئیک با یک اندونوکلوئاز خالص و مناسب و عاری از پروتئاز است . روش دیگر استفاده از توانایی آمفولیت ها در ایجاد کمپلکس با اسیدهای نوکلوئیک و بعد خارج کردن این کمپلکس ها با اولترا سانتریفوژ است .
 
نمک ها
نمکها با تغییر در رسانایی و قدرت عبور جریان الکتریکی در ژلهای IPG باعث اختلال در IEF شده و تا زمانی که یونهای نمک از انتهای نوارهای IPG خارج نشوند فوکوسینگ پروتئین ها اتفاق نخواهد افتاد . همین امر زمان فوکوسینگ را افزایش می دهد . حضور نمک در نمونه ، ممکن است باعث جابجایی آب موجود در نوار IPG نیز شود . به طوریکه یک سمت ژل خشک و سمت دیگر متورم خواهد شد . از طرف دیگر وجود مقادیر زیاد نمک در نمونه باعث می شود پروتئین ها در نواحی نسبتا عریضی در دو انتهای ژل فوکوس نشوند . به همین دلایل نمک اضافی موجود در نمونه ها باید خارج شوند ، یا به کمترین حد ممکن تقلیل یابند . همانطور که قبلا اشاره شده است باید غلظت نمک موجود در نمونه کمتر از 40 میلی مولار باشد . زمانیکه نمونه در حین خیساندن ژل بار گیری می شود ، باید غلظت نمک کمتر از 10 میلی مولار باشد .
 
برای نمک زدایی از روشهای مختلفی می توان استفاده کرد ، که رایج ترین آنها استفاده از دیالیز ، تغلیظ کننده های غشائی ، ژل فیلتراسیون و رسوب دهی است . دیالیز روشی بسیار کارامد است ، که در آن کمترین مقدار از نمونه از دست داده می شود . اما دارای روندی طولانی مدت است و احتیاج به حجم بالایی از محلول دارد . تغلیظ کننده ها ی غشایی یا دیالیز همراه با سانتریفوژ روش سریع تری هستند . اما امکان اتصال پروتئین ها با غشاء دیالیز در این روش بیشتر است . در ژل فیلتراسیون نیز امکان از دست رفتن پروتئین های نمونه زیاد است .
 
 
 
مرجع : استفاده شده از manual دستگاه IEF

 

*** >>> استفاده از مطالب این وبلاگ بدون ذکر منبع جایز نیست <<< ***

www.ProteomicsIran.loxblog.ir

 

کسب درامد واقعی

[+] نوشته شده توسط ابوذر عسکری در جمعه 1 بهمن 1389برچسب:اوره,تیواوره,SDS,TCA,استن,نمک ها,اسیدهای نوکلوئیک,پروتئازها,روشهای خارج کردن ترکیبات تداخل کننده,الکتروفورز 2 بعدی,Electrophoresis,2 Dimensional Electrophoresis,2DE, در ساعت 13:48 | |
بافرهای محلول سازی در الکتروفورز 2 بعدی (حامل های آمفولیتی)

 

حامل های آمفولیتی
حاملهای آمفولایتی با به حداقل رساندن پدیده توده شدن پروتئین ها از طریق ایجاد برهمکنش های ناشی از بارهای الکتریکی موجود بر روی پروتئین ها باعث افزایش حل پذیری آنها می شوند .
 
یکی از اساسی ترین چالش های IEF تمایل زیاد برخی پروتئین ها به رسوب در نقطه ایزوالکتریکشان است . در برخی از نمونه ها پروتئین هایی وجود دارند که برای حفظ حلالیتشان ، حتی در حضور دترجنت ها ، نیاز به وجود نمک دارند . این امر مشکل ساز است ، زیرا هر گونه نمکی که در محلول وجود داشته باشد ، در حین جریان بالایی که در ابتدای IEF اعمال می شود از ژل خارج می شود . بدین ترتیب پروتئین هایی که برای حلالیت خود نیاز به نمک دارند ، با خارج شدن آن رسوب می کنند . از طرفی دیگر ، وجود نمک باعث محدود کردن ولتاژی می گردد که می توان بدون ایجاد جریان بسیار بالا به آن دست یافت ، و این امر سبب افزایش زمان فوکوسینگ خواهد شد . نمک تنها در صورتی باید در یک نمونه حضور داشته باشد که نیاز اساسی به حضور آن باشد و در این صورت تنها غلظت کمتر از 40 میلی مولار قابل قبول است . حامل های آمفولیتی برای جبران از دست رفتن نمک در این نمونه ها عمل می کنند . این حامل ها معمولا در غلظتی کمتر از 0.2% به کار گرفته می شوند ، چرا که در غلظت های زیاد ، تا زمانی که در نقطه ایزوالکتریک خود فوکوس شوند ، سبب کاهش سرعت IEF می شوند ، چرا که حامل جریان می باشند و این امر سبب محدود شدن ولتاژ می گردد .  
 
 
مرجع : استفاده شده از manual دستگاه IEF

 

*** >>> استفاده از مطالب این وبلاگ بدون ذکر منبع جایز نیست <<< ***

www.ProteomicsIran.loxblog.ir

 

کسب درامد واقعی

[+] نوشته شده توسط ابوذر عسکری در جمعه 1 بهمن 1389برچسب:محلول سازی نمونه در الکتروفورز 2 بعدی,الکتروفورز 2 بعدی,Electrophoresis,2 Dimensional Electrophoresis,2DE,, در ساعت 13:27 | |
صفحه قبل 1 2 3 4 5 ... 16 صفحه بعد

درباره وبلاگ

پذیرش مقالات ,آموزش , مشاوره و شرکت در طرحهای تحقیقاتی و تولیدی و پایان نامه های دانشجویی در رابطه با تخلیص پروتئین ها با روشهایی مثل الکتروفورز کروماتوگرافی و غیره (وابسته به مؤسسه تحقیقات واکسن وسرم سازی رازی ، کرج)
آرشيو
دی 1390
شهريور 1390
تير 1390
ارديبهشت 1390
اسفند 1389
بهمن 1389
دی 1389
آبان 1389
شهريور 1389
مرداد 1389
تير 1389
خرداد 1389
ارديبهشت 1389
فروردين 1389
اسفند 1388
بهمن 1388
دی 1388
آذر 1388
آبان 1388
مهر 1388
شهريور 1388
مرداد 1388
تير 1388
خرداد 1388
آمار
روز بخير كاربر مهمان!
آمار بازديدها:
افراد آنلاين:
تعداد بازديدها:

مدير سایت :
ابوذر عسکری
لينكستان
کسب درامد واقعی از اینترنت (پول دیجیتال)
وب سایت فنی مهندسی آینده سازان
وبلاگ دانشجویان فیزیولوژی - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده دامپزشکی
بیوتکنولوژی
پایگاه اطلاع رسانی بیوشیمی-پروتئومیکس
بیوانفورماتیك
مقدمه ای بر علوم هوافضا
STOPغیرمذهبی هاوارد نشوندSTOP





فال حافظ

قالب های نازترین

جوک و اس ام اس

زیباترین سایت ایرانی

جدید ترین سایت عکس

نازترین عکسهای ایرانی

بهترین سرویس وبلاگ دهی

وبلاگ دهی LoxBlog.Com


لينكدوني

کسب درامد واقعی از اینترنت (پول دیجیتال)
J. Chromatogr. A & B
Anal. Chem
Anal. Biochem
BMC Bioinformatics
Bioinformatics
Proteome
The Internet Journal of Genomics & Proteomics
Proteomics Virtual Journal
Omics: A Journal of Integrative Biology

آرشيو پيوندهاي روزانه


CopyRight| 2009 , proteomicsiran.LoxBlog.com , All Rights Reserved
Powered By Blogfa | Template By: LoxBlog.Com

--------- ----------